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from 1357 to 1644

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source note: 上元县（1357年—1911年）治所

元至正十七年（1357年）迁治今南京市，1912年废。

元至正十七年（1357年）迁治今南京市，与江宁县并为应天府治（1）。清顺治二年（1645年）地入清，并与江宁县并为江宁府治（2）。1912年1月改江宁府为南京府，并废同城治之江宁、上元二县（3）。

注：
（1）《明史》卷40《地理志一》：应天府，“上元县，倚郭，太祖丙申年（即元至正十六年，1356年）迁治淳化镇，明年复还旧治。”同书卷记：江宁县为应天府倚郭县（北京，中华书局，1874年，4册，911页）复还旧治，即还原治今南京市。《太平寰宇记》卷90《江南东道二》升州上元县：“今移在伪司会府”（金陵书局，光绪八年刊本，17册，11—12页）《景定建康志》卷15《地所统县名》：上元县，“《寰宇记》云国朝迁南唐司会府，今府治之东。”（《宋元方志丛刊》，北京，中华书局，1990年，2册，1523页）按南宋建康府治，在今南京市区，则北宋徙治司会府，在今南京市。自宋迁治今南京市后，除元至正十六年迁今淳化外，明清治所未迁。
（2）《清史稿》卷4《世祖本纪一》：顺治二年（1645年）五月，多铎帅至南京（明以应天府为南京），城降。闰六月，“改南京为江南省，应天府为江宁府。”（北京，中华书局，1977年，2册，95、97页）应天府郭下上元、江宁二县，同时入清。上元、江宁二县为江宁府治，据清《嘉庆一统志》卷73《江宁府一·建置沿革》，《四部丛刊续编》，商务印书馆，1934年，24册，1—3页。
（3）郑宝恒《民国时期政区沿革》，武汉市，湖北教育出版社，2000年，61页。